مدیریت اجرایی کانون‌های کارشناسان رسمی دادگستری بر عهده هیئت مدیره است. فرآیند تشکیل نخستین جلسات، نحوه انتخاب هیئت رئیسه، شرایط مداخله اعضای علی‌البدل در تصمیم‌گیری‌ها، تعهدات مالی به شورای عالی و همچنین نظارت مستمر فنی و انتظامی بر گزارش‌های کارشناسی، بر اساس ضوابط صریح قانونی اداره می‌شوند. تسلط بر این احکام، مبنای درک ساختار حاکمیتی کانون‌ها و تکالیف حرفه‌ای کارشناسان است.

اعضای هیئت مدیره کانون مستقیماً بر اساس نتایج انتخابات تعیین می‌شوند:

• تعیین اعضای اصلی: داوطلبانی که بالاترین تعداد آرای مأخوذه را کسب کنند، به ترتیب آرا به عنوان اعضای اصلی هیئت مدیره شناخته می‌شوند.
• تعیین اعضای علی‌البدل: سایر منتخبان نیز به ترتیب تعداد آرا و تا رسیدن به سقف نصاب قانونی مشخص‌شده، به عنوان اعضای علی‌البدل مشخص خواهند شد.

برای تمامی جلسات هیئت مدیره، از اعضای اصلی و علی‌البدل به صورت هم‌زمان دعوت به عمل می‌آید؛ اما حق رأی اعضای علی‌البدل مشروط است:

چنانچه یکی از اعضای اصلی هیئت مدیره به دلایل زیر از ادامه فعالیت بازماند، عضو علی‌البدل جایگزین دائمی او می‌شود:

هیئت مدیره هر کانون مکلف است سهم مشخص‌شده از هزینه‌های جاری شورای عالی را تأمین و پرداخت کند:

• مبالغ تعیین‌شده توسط شورای عالی باید همه‌ساله در بودجه کانون استان لحاظ گردد.
• پرداخت این سهم مالی باید به صورت تدریجی طی سال مالی و حداکثر تا پایان سال مالی مربوط به حساب شورای عالی تسویه شود.